Stefano Folli nasce a Roma il 18 giugno 1949 da una famiglia di origini lombarde. Laureato in lettere, sposato, ha un figlio. I primi passi nel giornalismo li muove alla "Voce Repubblicana", l'organo storico del Pri, prima della chiusura nel 1978. Quando il giornale torna in edicola, nel 1981, Folli è direttore. Giovanni Spadolini — segretario del Pri, primo ministro negli anni Ottanta e direttore del "Corriere della Sera" dal 1968 al 1972 — è stato uno dei maestri di Folli.

Alla "Voce Repubblicana", Stefano Folli resta fino al 1989 quando diventa caposervizio politico al "Tempo". Ma per lui sta per cominciare l'esperienza al "Corriere della Sera", dove nel 1990 diventa notista politico, per poi diventare editorialista. Folli ha anche fondato e diretto la rivista di affari internazionali "Nuovo Occidente". Nel 1997 ha vinto il premio Fregene, l'anno successivo il premio Ischia di giornalismo.

Ha diretto il "Corriere della Sera" tra il 2003 e il 2004 ed è oggi editorialista del Sole 24 Ore.